名探偵・金田一耕助を祖父に持つ高校生・金田一一（きんだいち はじめ）が、幼馴染・七瀬美雪（ななせ みゆき）や親友・剣持勇警部、ライバル・明智健悟警視らと共に、遭遇する難事件を、祖父譲りの抜群の推理力で次々と解決していく物語である。本格的なミステリーを題材とした推理漫画作品である。特徴としては多くの事件が連続殺人であり、プロローグからエピローグまでを数ヵ月かけて連載し、いわゆるクローズド・サークルと呼ばれる「絶海の孤島」や「吹雪の山荘」などでの隔絶された状況下での事件が多く、犯人は舞台となる建築物や施設の構造を利用してトリックを作成することがほとんどである。また、作中の被害者は過去に人命被害が生じた事件・事故に関与していることが多く、それが犯人側の犯行動機となっていることが多い。長編の事件の犯人には「怪人名」とされる代名詞的な二つ名がついており、その不気味な名前をした犯人が登場人物の誰なのかを当てる醍醐味がある。事件の登場人物に仮面やマスク、あからさまな偽名などによる怪しい人物がいることが多いことも特徴である他、事件に関わる土地や建物にまつわる伝承、都市伝説、噂などが怪人の名前に結び付けられていることも多い。仮面やマスクを被った人物は犯人による架空の人物ばかりだが、時にはきちんとした理由を持ち仮面やマスクを被った『金田一』の世界の実在する人物として登場する事もある。1995年、第19回講談社漫画賞少年部門受賞。通常の単行本の他に漫画文庫版、極厚愛蔵版なども発売されている。2019年10月時点で単行本のシリーズ累計発行部数は1億部を突破している。

1992年に連載を開始。その当初から、漫画内にすべての証拠が書かれているため、一（はじめ）の推理を聞く前に自ら推理することで犯人を予測する「真相当てクイズ」などの斬新な企画も並行して行われる。1995年の最初のテレビドラマ化を皮切りに、その後も映画化・アニメ化などが次々に行われ、原作者による小説版も出版されるなど、メディアミックス展開が何度もされている。第I期終了後も再ドラマ化、再アニメ化などがされている。作品初期は殺人事件を題材とした長編のみが展開された。連載途中からは長編を軸としつつも、短編を織り交ぜたストーリーが扱われるようになり、傷害事件や誘拐事件、また犯罪の絡まぬパズルのような物語も扱われるようになった。「速水玲香誘拐殺人事件」が終了したところで、それまでの19本の長編が”FILEシリーズ”としてまとめられた。それと同時に、中編や大長編を扱う”Caseシリーズ”が開始され、以後もそれまでと同様に、短編を織り交ぜる形での連載が進められた。この短編の中で、主人公のライバルである明智健悟警視を主人公とするシリーズも描かれた。そして、2000年末から、最後の”Case”シリーズ及び第I期最終回「金田一少年の決死行」が描かれ、1992年から8年間続けられた連載が終了した。この終了は「第I期完結」とされており、再連載が当時から計画されていた事を窺わせる。第I期連載終了後の2004年夏、同作者（天樹征丸&さとうふみや）による別連載作品『探偵学園Q』の連載を中断して第II期の最新作「吸血鬼（ヴァンパイア）伝説殺人事件」の短期連載が行われた。『探偵学園Q』終了後も、のちの20周年シリーズの通年連載とRの連載まで、短期集中連載の形を取りながら不定期的に新作を発表した。

ファイル6 悲恋湖伝説殺人事件（1993年10月27日 - 1994年1月19日 / 6 - 7巻 / 全10話）

怪人名…「ジェイソン」

美雪の従兄の代理として、長野県の悲恋湖畔リゾートのモニターツアーに参加した一と美雪。その夜、ラジオで「10年前に世間を震撼させた殺人鬼「ジェイソン」が脱獄」というニュースが報じられ、ツアー客がジェイソンの仕業かのような状況で次々と殺害されていく。

ファイル7 異人館ホテル殺人事件（1994年1月26日 - 4月13日 / 8 - 9巻 / 全12話）

怪人名…「赤髭のサンタクロース」

俵田刑事から捜査協力の依頼を受けて、北海道函館市のホテル「異人館ホテル」を訪れた一と美雪。そこでは劇団「アフロディア」による舞台劇「ナルシスの魔境」の公演が行われていたが、「赤髭のサンタクロース」を名乗る人物から殺人予告が届き、劇団員たちが殺害されていく。

ファイル8 首吊り学園殺人事件（1994年4月27日 - 7月20日 / 9 - 10巻 / 全12話）

怪人名…「地獄の子守唄」

一は試験対策のため、美雪と共に名門予備校「四ノ倉学園」の講習に参加する。ところが、試験中に謎の子守唄が流れ、3人組の不良生徒が次々と首吊り死体で発見される。3人の死は一見自殺と思われたが・・・。

ファイル9 飛騨からくり屋敷殺人事件（1994年8月3日 - 10月26日 / 11 - 12巻 / 全12話）

怪人名…「首狩り武者」

剣持警部の幼馴染が住むという奥飛騨「くちなし村」の旧家「巽家」訪れた一と美雪。巽家では先代が他界し、その家督を誰が継ぐかで揉めていた。そんな中、村に伝わる怨霊「首狩り武者」による残忍な連続殺人が起こる。

ファイル10 金田一少年の殺人（1994年11月9日 - 1995年3月1日 / 12 - 14巻 / 全14話）

怪人名…「見えざる敵」

いつきからノンフィクション作家・橘梧柳が出題する新作の原稿を賭けた暗号の解読を依頼された一は、軽井沢にある橘の別荘を訪れる。しかし、橘が何者かに殺害され、一は真犯人の策略で殺人犯に仕立て上げられてしまった。一は自らの無実を証明するべく逃亡しながら真犯人追うが、さらに暗号にかかわる人物が次々と殺されていき、その罪も着せられてしまう。

ファイル11 タロット山荘殺人事件（1995年3月8日 - 6月14日 / 14 - 15巻 / 全14話）

怪人名…「影の脅迫者」

世間から姿を消していた速水玲香からの招待で、青森県のタロット山荘へやってきた一と美雪。そこで、宿泊客がタロットカードに見立てられて次々と殺害されていく。一は現場の状況等から、玲香の父親である速水雄一郎の犯行と睨むが・・・。

ファイル12 蝋人形城殺人事件（1995年6月28日 - 9月27日 / 16 - 17巻 / 全13話）

怪人名…「Mr.レッドラム」

明智の誘いで、日本アルプスにある古城「バルト城」で開催されるミステリーナイトに参加した一と美雪。「Mr.レッドラム」と名乗る城の主のアナウンスでミステリーナイトが始まるが、参加者たちが自身の蝋人形と同じ形で次々と殺されていく。

ファイル13 怪盗紳士の殺人（1995年10月18日 - 1996年1月24日 / 17 - 18巻 / 全13話）

怪人名…「怪盗紳士」

剣持から名画を専門に狙う窃盗犯「怪盗紳士」の捜査協力を依頼された一は、怪盗紳士から予告状が届いたという青森県の蒲生画伯の別荘を訪れる。怪盗紳士は予告通り絵を次々に盗んでいくが、絵のモチーフとなった人物も惨殺していく。

ファイル14 墓場島殺人事件（1996年1月31日 - 4月17日 / 19 - 20巻 / 全11話）

怪人名…「亡霊兵士」

一と美雪はクラスメイト達と「無人島探検ツアー」に参加するが、地元の観光会社の人間に案内されたのは、かつて太平洋戦争の激戦地であった「墓場島」という孤島だった。その島で東大のサバイバルゲームサークルのメンバー達と知り合うが、そのメンバー達が島に伝わる亡霊兵士に次々と殺されていく。

ファイル15 魔術列車殺人事件（1996年4月24日 - 7月31日 / 20 - 21巻 / 全13話）

怪人名…「地獄の傀儡師」

警視庁に「地獄の傀儡師」と名乗る人物から脅迫状が届き、一と美雪・剣持は北海道行きの寝台特急「銀流星号」に乗る。ところが、列車内で地獄の傀儡師から電話があり、「死のマジックショー」が開幕。マジシャン団体「幻想魔術団」の団長の死体が見つかり、その死体が忽然と消えてしまう。さらに、終着駅の「死骨ヶ原ステーションホテル」でも、魔術団のメンバーが殺害されていく。

ファイル16 黒死蝶殺人事件（1996年8月7日 - 11月13日 / 22 - 23巻 / 全13話）

怪人名…「不死蝶」

いつきから悲恋湖で死んだはずの「ある男」に瓜二つの男の写真を見せられた一は、真相を確かめるべく、男が住む石川県金沢市の班目家の屋敷「蝶屋敷」を訪れる。しかし、そこで班目家の娘たちが、蝶に見立てられる形で次々と殺害されていく。

ファイル17 仏蘭西銀貨殺人事件（1996年11月20日 - 1997年3月12日 / 23 - 25巻 / 全14話）

怪人名…「葬送銀貨」

一は小学時代の友人・高森ますみと偶然再会し、長野のホテル「仏蘭西館」で行われるファッションショーのチケットを貰う。しかし、一はますみが何か重大なことを隠しているように感じる。後日、美雪と共に仏蘭西館を訪れるが、そこでファッションショーの関係者が次々に殺害される事件が起こる。現場の状況などから、一はますみの犯行と疑うが・・・。

ファイル18 魔神遺跡殺人事件（1997年3月19日 - 6月18日 / 25 - 26巻 / 全12話）

怪人名…「凶鳥ノ命」

不動高校の先輩・宗像さつきから遺跡発掘のバイトに誘われ、彼女の地元・島根県出雲の「魔陣村」にやってきた一と美雪。魔陣村で行われている発掘は、村に伝わる「魔陣具」と呼ばれる遺物を見つけるためのものだった。ところが、地元に伝わる神「凶鳥ノ命」によって、発掘の関係者が次々と殺されていく。

ファイル19 速水玲香誘拐殺人事件（1997年9月3日 - 11月5日 / 26 - 27巻 / 全9話）

怪人名…「道化人形」

速水玲香が「道化人形」を名乗る人物に誘拐され、さらに身代金の受け渡し役に一が指名された。一は彼女を救出するべく、道化人形の無茶苦茶な指示に振り回されながら、必死に受け渡し場所に向かう。しかし、この誘拐の裏には、犯人の恐るべき計画犯罪が隠されていた。