3次元で普通の生活を送る忍たまオタクの明夜香(あやか)だったが、ある日アニメ○トで忍たまグッズを買った帰り、信号待ちしていると小さな子供がボールを追いかけて道路へ、そしてそこに車が向かってきて、、、明夜香は咄嗟に体が動き子供を助けるが、代わりに車と衝突💥
明夜香は痛む体で意識が遠のく中、夢(謎の空間)の中でおじいさんが「〜〜〜」と言い、その言葉に頷き再び目を閉じて、次に目を覚ますとそこは森の中で、怪我をしていたところを助けてくれたのは深緑色の忍び装束の男の子、その子は"忍術学園"の生徒でまさかの忍たまの世界に転生した明夜香、、、これからどうなるの?!ーー